ในวันที่ 19 กันยายน พ.ศ. 2549 เวลาประมาณ 21.00 น. คณะปฏิรูปการปกครองในระบอบประชาธิปไตย อันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นประมุข ซึ่งมีพลเอก สนธิ บุญยรัตกลิน ผู้บัญชาการทหารบกเป็นหัวหน้าคณะ กระทำรัฐประหาร ยึดอำนาจจากรัฐบาลภายใต้การรักษาการนายกรัฐมนตรีของ ทักษิณ ชินวัตร ซึ่งอยู่ระหว่างร่วมประชุมสหประชาชาติ ที่นครนิวยอร์ก สหรัฐอเมริกา ซึ่งทักษิณ ออกประกาศสถานการณ์ฉุกเฉินในเวลา 22.00 น. สดทางสถานีโทรทัศน์โมเดิร์นไนน์ แต่ในขณะที่การประกาศยังไม่จบ พลเอก สนธิ สั่งตัดภาพและเข้าสู่ประกาศคณะปฏิรูปการปกครองในระบอบประชาธิปไตย อันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นประมุข จึงถือเป็นการยึดอำนาจได้สำเร็จ ในเวลา 23:00 น.[ต้องการอ้างอิง]

รัฐประหารครั้งนี้ เป็นจุดเปลี่ยนสำคัญในวิกฤตการณ์ทางการเมือง ที่ดำเนินมานับแต่เดือนกันยายน พ.ศ. 2548 คณะรัฐประหารยกเลิกการเลือกตั้งในเดือนตุลาคม ปีนั้น ยกเลิกรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พุทธศักราช 2540 สั่งยุบรัฐสภา สั่งห้ามการประท้วง และทำกิจกรรมทางการเมือง เกินกว่า 5 คน ยับยั้งและปิดกั้นสื่อทุกประเภท ประกาศใช้กฎอัยการศึกทั่วราชอาณาจักร และควบคุมตัวบุคคลสำคัญในรัฐบาลทักษิณหลายคน อาทิ พลตำรวจเอก ชิดชัย วรรณสถิตย์ รองนายกรัฐมนตรี, นายแพทย์พรหมินทร์ เลิศสุริย์เดช เลขาธิการนายกรัฐมนตรี เป็นต้น

ลาออกจากพรรคไทยรักไทย

หลังรัฐประหารไม่นาน ทักษิณ ซึ่งขณะนั้นพำนักอยู่ที่กรุงลอนดอน ประเทศอังกฤษ ส่งจดหมายถึงพรรคไทยรักไทย เพื่อขอลาออกจากตำแหน่งหัวหน้าพรรค และทางพรรคก็มีมติให้จาตุรนต์ ฉายแสง รักษาการในตำแหน่งหัวหน้าพรรคไปก่อน

นับแต่ราวเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2549 เป็นต้นมา ทักษิณมอบหมายให้นพดล ปัทมะ เป็นทนายความส่วนตัว เพื่อทำหน้าที่ผู้แทนทางกฎหมายในประเทศไทย นอกจากนี้ นพดลยังจัดแถลงข่าวเพื่อตอบโต้ผู้กล่าวหา และโจมตีทักษิณอยู่เป็นระยะ

เหตุระเบิดในกรุงเทพมหานคร พ.ศ. 2549

วันที่ 2 มกราคม พ.ศ. 2550 นพดลนำจดหมายที่ทักษิณเขียนด้วยลายมือ เนื้อหาเป็นการตอบโต้พลเอก สุรยุทธ์ จุลานนท์ ที่แถลงข่าวสรุปสถานการณ์เหตุระเบิดในกรุงเทพมหานคร พ.ศ. 2549 เมื่อวันที่ 1 มกราคม กล่าวหากลุ่มอำนาจเก่า ผู้สูญเสียประโยชน์ทางการเมือง โดยทักษิณเขียนปฏิเสธว่า ตนไม่เคยคิดจะทำเรื่องเลวร้ายเช่นนั้น[28]

ข้อกล่าวหาเรื่องล็อบบียิสต์

ในเวลาใกล้เคียงกัน มีข้อกล่าวหาจากพรรคประชาธิปัตย์ และพันธมิตรประชาชนเพื่อประชาธิปไตยว่า ทักษิณว่าจ้างบริษัทล็อบบียิสต์ เพื่อชี้ช่องทางและให้คำแนะนำ เกี่ยวกับผลประโยชน์ของทักษิณในวอชิงตัน ดี.ซี. และต่างประเทศ (Provide guidance and cousel with regard to Thaksin’s interest in Washington DC and abroad) [29] [30] [31] [32] แต่ทักษิณปฏิเสธรายงานดังกล่าว

7 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2550 กอร์ปศักดิ์ สภาวสุ กรรมการบริหารพรรคประชาธิปัตย์ แถลงข่าวพร้อมนำเอกสารมาแสดงว่า ทักษิณว่าจ้างบริษัทล็อบบียิสต์แห่งที่สอง เพื่อให้ช่วยงานด้านการเมือง โดยบริษัทดังกล่าวเป็นของเจมส์ เอ. เบเกอร์ อดีตรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลังและกระทรวงการต่างประเทศของสหรัฐอเมริกา ที่มีความใกล้ชิดกับอดีตประธานาธิบดีแห่งสหรัฐอเมริกา จอร์จ เอช. ดับเบิลยู. บุช แต่นพดลในฐานะที่ปรึกษากฎหมายของทักษิณ แถลงข่าวตอบโต้กอร์ปศักดิ์ว่า ทักษิณว่าจ้างบริษัทดังกล่าว ให้ดูแลเกี่ยวกับกฎหมายระหว่างประเทศ และติดตามสถานการณ์การเมืองระหว่างประเทศ ไม่ได้จ้างทำงานเป็นล็อบบี้ยิสต์แต่อย่างใด [33] [34]

การเดินทางกลับประเทศไทย

วันที่ 28 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2551 เวลา 09.40 น. ทักษิณเดินทางมาถึงประเทศไทย ที่ท่าอากาศยานสุวรรณภูมิ พร้อมกับก้มลงกราบพื้น ที่หน้าห้องรับรองพิเศษ และโบกมือทักทายประชาชนที่มารอให้การต้อนรับ ด้วยสีหน้ายิ้มแย้ม[35]

จากนั้น ทักษิณเดินทางไปยังศาลฎีกาแผนกคดีอาญาของผู้ดำรงตำแหน่งทางการเมือง เพื่อรายงานตัวในคดีทุจริตที่ดินย่านถนนรัชดาภิเษก ต่อด้วยการรายงานตัวต่ออัยการสูงสุด ในคดีปกปิดโครงสร้างผู้ถือหุ้นบริษัท เอสซีแอสเซท จำกัด (มหาชน) ในเครือชินคอร์ป[36]

ความเคลื่อนไหวจากต่างประเทศ

ระหว่างที่กำลังมีการดำเนินคดีที่ดินย่านถนนรัชดาภิเษก ทักษิณและภริยา เดินทางไปต่างประเทศอีกครั้ง หลังจากนั้นศาลอ่านคำวินิจฉัยว่า ทักษิณมีความผิดในคดีดังกล่าว ทักษิณจึงไม่เดินทางกลับมายังประเทศไทย และในวันที่ 14 พฤศจิกายน พ.ศ. 2551 ทักษิณตัดสินใจจดทะเบียนหย่ากับคุณหญิงพจมาน ด้วยเหตุผลทางการเมือง ที่สถานกงสุลใหญ่ เขตบริหารพิเศษฮ่องกง หลังจากสมรสและใช้ชีวิตคู่มานานถึง 32 ปี[37] นับแต่นั้นเป็นต้นมา ทักษิณมีการเคลื่อนไหวผ่านกลุ่มแนวร่วมประชาธิปไตยต่อต้านเผด็จการแห่งชาติ ผ่านการปราศรัยด้วยวิธีโทรศัพท์ทางไกลเข้าสู่ที่ชุมนุม (โฟนอิน) และการส่งสัญญาณภาพและเสียงมายังที่ชุมนุม (วิดีโอลิงก์) พร้อมทั้งอดีตสมาชิกพรรคพลังประชาชน และสมาชิกพรรคเพื่อไทย ก็ให้การสนับสนุน

ในปลายปี พ.ศ. 2552 ทักษิณได้รับการแต่งตั้ง ให้เป็นที่ปรึกษาทางเศรษฐกิจของราชอาณาจักรกัมพูชา[38] ทางรัฐบาลไทยจึงยื่นหนังสือต่อรัฐบาลกัมพูชา ให้ส่งตัวทักษิณกลับไทย ในฐานะผู้ร้ายข้ามแดน แต่รัฐบาลกัมพูชาปฏิเสธด้วยเหตุผลว่า การส่งตัวผู้ร้ายข้ามแดนไม่รวมถึงกรณีที่เป็นนักโทษทางการเมือง[39][40][41] รัฐบาลไทยจึงต่อต้านด้วยการเรียกตัวเอกอัครราชทูตไทยประจำกัมพูชากลับประเทศ[42] ซึ่งส่งผลให้กัมพูชาเรียกเอกอัครราชทูตของตนกลับประเทศเช่นกัน ทักษิณและครอบครัว เดินทางไปถึงกรุงพนมเปญของกัมพูชา เมื่อวันที่ 10 พฤศจิกายน พ.ศ. 2552 เพื่อรับตำแหน่งดังกล่าว[43] และได้รับการต้อนรับอย่างดีจากสมเด็จอัครมหาเสนาบดีเดโช ฮุน เซน นายกรัฐมนตรีแห่งกัมพูชา

เขายังเดินทางเข้าออกฮ่องกง, สิงคโปร์, กรุงลอนดอน สหราชอาณาจักร และกรุงปักกิ่ง ประเทศจีนบ่อยครั้ง โดยเชื่อว่าใช้เอกสารเดินทางที่ไม่ใช่ของประเทศไทย[44]

การดำรงตำแหน่งประธานสโมสรฟุตบอลแมนเชสเตอร์ซิตี

หลังจากไปใช้ชีวิตที่กรุงลอนดอนของอังกฤษ เมื่อเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2550 ทักษิณเข้าซื้อกิจการสโมสรฟุตบอลแมนเชสเตอร์ซิตี โดยถือหุ้นทั้งหมด 75 เปอร์เซ็นต์ ทั้งนี้ ทักษิณขอให้แฟนฟุตบอลของทีม เรียกตนอย่างง่าย ๆ ว่า แฟรงค์ ชินาตรา (Frank Shinatra) [45]

อย่างไรก็ตาม เนื่องจากการเป็นประธานสโมสรฟุตบอลในพรีเมียร์ลีก มีเงื่อนไขว่าจะต้องเป็นผู้ที่ไม่ถูกตัดสินว่ากระทำความผิด ไม่ว่าจะประเทศใดในโลกก็ตาม ซึ่งขณะนั้นประเทศไทยมีการดำเนินคดีกับทักษิณอยู่[46] ในเดือนกันยายน พ.ศ. 2551 ทักษิณจึงขายสโมสรแมนเชสเตอร์ซิตี ให้กับ Abu Dhabi United Group ในราคา 141 ล้านดอลลาร์สหรัฐ และขึ้นเป็นประธานที่ปรึกษากิตติมศักดิ์ ก่อนจะลาออกจากตำแหน่งในภายหลัง[47]